L'Olocausto in Slovacchia fu caratterizzato dall'espropriazione sistematica, dalla deportazione e dall'assassinio degli ebrei nello Stato Slovacco, uno stato fantoccio creato dalla Germania nazista durante la seconda guerra mondiale; su 89000 ebrei presenti nel paese nel 1940, circa 69000 furono assassinati durante l'Olocausto.
Dopo l'accordo di Monaco del settembre 1938, la Slovacchia dichiarò unilateralmente la sua autonomia all'interno della Cecoslovacchia, ma perse un territorio significativo a favore dell'Ungheria nel Primo arbitrato di Vienna, firmato a novembre. L'anno successivo, con l'incoraggiamento tedesco, il Partito popolare slovacco al potere, a carattere etno-nazionalista, dichiarò l'indipendenza dalla Cecoslovacchia. La propaganda incolpò gli ebrei delle perdite territoriali, furono presi di mira con discriminazioni e molestie, inclusa la confisca delle loro proprietà e delle loro attività. L'esclusione degli ebrei dall'economia impoverì la comunità, che incoraggiò il governo a arruolarli per i lavori forzati. Il 9 settembre 1941, il governo approvò il Codice Ebraico, che affermò essere la legge anti-ebraica più severa in Europa.
Nel 1941, il governo slovacco negoziò con la Germania nazista la deportazione di massa degli ebrei nella Polonia occupata dai tedeschi. Tra marzo e ottobre 1942, 58000 ebrei furono deportati nel campo di concentramento di Auschwitz e nel distretto di Lublino del Governatorato Generale, solo poche centinaia sopravvissero fino alla fine della guerra. Il governo slovacco organizzò i trasporti e pagò 500 Reichsmark per ogni individuo ebreo allo scopo di sostenere il presunto costo del reinsediamento.
La persecuzione degli ebrei riprese nell'agosto 1944, quando la Germania invase la Slovacchia scatenando la rivolta nazionale slovacca. Altri 13500 ebrei furono deportati e centinaia, o migliaia, furono assassinati in Slovacchia dall'Einsatzgruppe H e dalle Divisioni della Guardia Hlinka.
Dopo la liberazione da parte dell'Armata Rossa, i sopravvissuti dovettero affrontare un rinnovato antisemitismo e le conseguenti difficoltà per recuperare le proprietà rubate; la maggior parte dei sopravvissuti emigrò dopo il colpo di stato comunista del 1948. Il regime comunista del dopoguerra censurò qualsiasi discussione sull'Olocausto; la libertà di parola fu ripristinata dopo la caduta del regime comunista nel 1989. La complicità del governo slovacco nell'Olocausto continua a essere contestata dai nazionalisti di estrema destra.
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